วัดนักบุญยอแซฟ อยุธยา เป็นโบสถ์คริสต์นิกายโรมันคาทอลิกแห่งแรกในประเทศไทย ตั้งอยู่ริมแม่น้ำเจ้าพระยา ตำบลสำเภาล่ม อำเภอพระนครศรีอยุธยา จังหวัด พระนครศรีอยุธยา ในราวปี พ.ศ. 2209 ครั้งแรกทำเป็นเรือนไม้ขึ้นก่อนสองหลัง สงบและร่มเย็น
จนถึงการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง โบสถ์ได้ถูกเผาทำลายและถูกปล้นสะดมทรัพย์สินไปหมด บาทหลวงฌ็อง-บาติสต์ ปาลกัว จึงได้กลับมาบูรณะวัดอีกครั้ง ในปี พ.ศ. 2374 และโบสถ์หลังปัจจุบันคือในสมัยคุณพ่อแปร์โร ที่ได้ทำพิธีเสกในวันที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2426 โบสถ์ได้ทำการบูรณะครั้งใหญ่ในปี พ.ศ. 2547
วัดนักบุญยอแซฟ ถือเป็นศูนย์กลางของคริสตชนชาวสยามในสมัยกรุงศรีอยุธยา มีประวัติมาตั้งแต่ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ปัจจุบันตัวโบสถ์หลังปัจจุบันนี้มีอายุแล้วกว่า 134 ปี
